Python pour la biologie
Spécialement conçu pour les étudiants en biologie et bioinformatique, ce cours offre une initiation pratique à Python 3, le langage de référence en analyse scientifique. Contrairement aux formations généralistes, il se concentre sur les applications concrètes en recherche biologique : traitement de données expérimentales, automatisation de tâches répétitives et analyse statistique. La comparaison régulière avec Python 2 permet de comprendre l'évolution du langage tout en travaillant avec la version actuelle recommandée par la communauté scientifique.
Les fondamentaux enseignés couvrent les structures de données essentielles pour manipuler des résultats biologiques (listes, dictionnaires, tuples), ainsi que les techniques de lecture/écriture de fichiers pour traiter des jeux de données expérimentales. Une attention particulière est portée sur les bonnes pratiques de programmation et la documentation du code, compétences cruciales pour une recherche reproductible. Ces bases solides permettent ensuite d'aborder des bibliothèques spécialisées comme Biopython.
La partie avancée du cours explore des cas d'usage typiques en biologie : analyse de séquences ADN, traitement d'images microscopiques et visualisation de données complexes. Les étudiants apprennent à interfacer Python avec d'autres outils scientifiques (R, outils de séquençage) et découvrent les principes du travail collaboratif sur des projets de recherche. Des exercices concrets, inspirés de problématiques réelles, renforcent l'acquisition des compétences.
Cette formation unique comble le fossé entre la programmation et les sciences du vivant. Son approche pédagogique, adaptée au public biologiste, évite le jargon informatique superflu tout en fournissant les véritables compétences nécessaires à la recherche moderne. À l'issue du cours, les étudiants peuvent automatiser leurs analyses, développer des pipelines de traitement et participer activement à des projets interdisciplinaires en bioinformatique.
Auteur: Patrick Fuchs et Pierre Poulain
Envoyé le : 23 May 2022
Type de fichier : PDF
Pages : 290
Téléchargement : 1580
Niveau : Débutant
Taille : 3.83 MB